Arrêts de travail pour raisons de santé, temps partiel thérapeutique : de nouvelles règles s'appliquent dans la fonction publique

Un nouveau décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires a été publié au Journal officiel le vendredi 31 juillet 2026.

Ce décret transpose aux fonctionnaires et agents contractuels des trois versants de la fonction publique, un certain nombre de mesures applicables aux salariés en arrêt pour raisons médicales depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

Ce qui change :

À partir du 1er août 2026, la procédure afférente aux autorisations de service à temps partiel pour raison thérapeutique (TPT) dans la fonction publique évolue. Pour toute demande de TPT à compter de cette date, y compris en cas de renouvellement, de nouvelles règles s’appliquent :

Conditions d’octroi :

lorsque la demande est présentée à l’issue d’une période de CLM, CLD, CITIS ou après une disponibilité d’office pour raison de santé : l’autorité territoriale se prononce au plus tard le jour de la reprise. Idem en cas de renouvellement du TPT.
dans les autres cas (après un CMO, sans arrêt maladie préalable) : l’autorité territoriale se prononce dans les 30 jours suivant la date de réception de la demande.
à réception de la demande, l’autorité territoriale peut soumettre l’agent à une visite auprès d’un médecin agréé. Son absence injustifiée à cet examen vaut désistement de sa demande.
l’autorisation est accordée dans la limite d’une année (suppression de la durée minimale de 1 mois et maximale de 3 mois par demande).

Procédure en cas de refus/interruption du TPT :

Le refus d’octroi ou de renouvellement d’un TPT et l’interruption du TPT en cours à l’initiative de l’autorité territoriale doivent être motivés.
Si le refus/interruption est motivé par les nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, il est précédé d’un entretien. L’agent peut s’y faire accompagner par une personne de son choix.
Si le refus/interruption est fondé sur un motif médical, l’avis du médecin agréé doit avoir été sollicité au préalable.

En cas de contestation des conclusions du médecin agréé devant le conseil médical en formation restreinte, si l’agent bénéficie d’une autorisation de TPT au moment de la saisine, l’autorisation est prolongée jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis.

Prolongation du TPT au-delà de 3 mois :

Suppression de la visite auprès du médecin agréé. L’administration conserve toutefois la possibilité de demander un avis au médecin agréé.

Les conditions médicales d’accès au TPT, les quotités de travail, les règles de rémunération et de rechargement, ainsi que la durée maximale totale d’un an ne changent pas.

Au 1er septembre 2026 : une nouvelle procédure s’appliquera aux agents pour bénéficier d’un arrêt de travail pour raisons de santé débutant ou prolongé à compter du 1er septembre 2026 :

Un arrêt de travail pourra être accordé lorsque l’agent produira le formulaire Cerfa sécurisé que chaque prescripteur doit dorénavant établir.
La durée de la prescription d’arrêt sera plafonnée, comme pour les salariés, à 1 mois pour un premier arrêt, puis 2 mois pour une prolongation. Des dérogations seront possibles pour le prescripteur, au vu de la situation médicale de l’agent.
Le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur initial
Suppression de la consultation du conseil médical pour le renouvellement d'un CLM ou d'un CLD après épuisement du plein traitement. Le texte confirme que l’avis du Conseil médical est uniquement sollicité au passage à demi-traitement et au terme du congé.
Les agents dans l’attente de l’attribution d’un congé de longue maladie ou de longue durée alors qu’ils sont en fin de droits à congé maladie ordinaire seront placés, à titre provisoire, dans la position de disponibilité pour raison de santé et auront droit à une indemnité égale au montant du traitement qu'il percevait à l'expiration de son congé de maladie.
L’avis d’arrêt de travail peut être dématérialisé.

Suppression de la possibilité de contester l’avis du conseil médical en formation restreinte, saisi en contestation des conclusions rendues par un médecin agréé, devant le conseil médical supérieur lorsque cet avis est conforme aux conclusions du médecin agréé.
Le CLM, le CGM et le CLD peuvent être accordés ou renouvelés par périodes d’une durée maximale de 6 mois (auparavant entre 3 et 6 mois).
L’employeur peut désormais faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail (CMO, CLM, CGM, CLD et CITIS), portant sur la présence de l’agent à son domicile ou à son lieu de repos lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire. En cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle, le versement de la rémunération est interrompu jusqu’à la date de fin de l’arrêt. Ce temps reste pris en compte dans la période de congé en cours. Cette disposition s’applique également aux agents contractuels.
L’agent en CMO doit par principe cesser toute activité rémunérée, par analogie avec ce qui était déjà prévu pour les CLM, CLD et CITIS.
Le fonctionnaire en CMO, CLM, CLD ou CITIS peut demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétence afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion pro, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé. L’autorité territoriale se prononce sous 30 jours. Cette disposition s’applique également aux agents contractuels.
L’examen médical du fonctionnaire en CMO, CLM, CLD ou CITIS peut être effectué à distance (télécontrôle). Cette disposition s’applique également aux agents contractuels.

A partir de 2028, un dispositif de visite de reprise permettra de compléter ces dispositions, afin de favoriser le retour à l’emploi. Pour tout arrêt dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut solliciter le médecin du travail pour préparer et étudier les conditions et modalités de la reprise ou envisager des actions de formation. Durant cette phase, le fonctionnaire est assisté par une personne de son choix. Cette disposition s’applique également aux agents contractuels.

Les fiches thématiques seront actualisées prochainement.

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